In den 1940er Jahren rückte der ruhige Stadtteil Junkersdorf in das Interesse von Archäologen. Bei Grabungsarbeiten wurde ein frühmittelalterliches Gräberfeld mit über 514 Skeletten entdeckt. Daraus kann geschlossen werden, dass an dieser Stelle bereits im 6. Jahrhundert eine relativ große Siedlung bestand. Bis zum 18. Jahrhundert wurde Junkersdorf als eine freie Herrschaft vom Erzstift Köln verwaltet. Aus dieser Blütezeit stammen viele der heute noch existierenden Landgüter, etwa das Horbell. Das Horbell ist ein Gut, das an dieser Stelle bereits seit dem 14. Jahrhundert existiert. Der heutige Bau wird mit dem Jahr 1713 datiert. Andere sehenswerte Gutshöfe sind der Bodenhof mit seinem Hofkreuz, der Brennersche Hof, der Esserhof, der Fronhof mit seiner Marienkapelle, der Stüttgenhof und der Statthalter Hof sowie das Gut Keuschhof.
Nachdem Junkersdorf jahrhundertelang landwirtschaftlich geprägt war, fand der Beginn der Industrialisierung des Stadtteils durch den Bau einer Güterbahnlinie in den 1890er Jahren statt. Das Bevölkerungswachstum begann allerdings erst in den 1920er Jahren. Erstmals wurden große Siedlungen gebaut, viele davon im heute von Kunstlieberhabern geschätzten „Baushaus-Stil“. Junkersdorf liegt im äußeren Kölner Grüngürtel. Durch diese Grünruhelage wurde Junkersdorf bald zu einer beliebten Wohngegend für die obere Mittelklasse. Mehrere neue Siedlungen wurden als „Gartenstädte“ konzipiert, so dass sich die Kölner den Traum vom eigenen Haus mit Garten erfüllen konnten. Junkersdorf ist heute ein wirtschaftlich prosperiender Stadtteil Kölns und nach wie vor eine beliebte Wohngegend für betuchte Kölner.
In Junkersdorf gibt es, wie in den meisten anderen Kölner Stadtteilen, eine eigene Karnevalsgesellschaft. Seit 2011 existiert sogar – trotz der Entfernung zu den Alpen – ein eigener Skiclub. Die Infrastruktur ist sehr gut ausgebaut. Mit der Aachener Straße und der Dürener Straße findet man gleich zwei beliebte Einkaufsmeilen in Junkersdorf. Junkersdorf besitzt eine hervorragende Anbindung an das öffentliche Verkehrsnetz und kann mit Bus oder Stadtbahn erreicht werden. Auch durch mehrere Autobahnen ist die Verbindung nach Köln gewährleistet.
Marsdorf ist ein eigenständiger Teil von Junkersdorf, der besonders wirtschaftlich bedeutsam ist. Hier findet man einige Bürogebäude sowie die deutsche Niederlassung der Motorsportabteilung des japanischen Autoherstellers Toyota. Das ganze Gebiet wird von Gewerbe- und Industrieanlagen dominiert, aber auch hier finden sich noch einige historische Gutshöfe.